江戸時代、豊多摩郡（現在の杉並区あたり）の「源内」という農民が作り出した「源内つまり大根」が原種。のちに明治初期、世田谷区大蔵の石井泰治郎が、秋づまり大根と代々木の源内大根の自然交配雑種を改良し選抜固定しました。そのため大蔵大根は、昭和40年代までは世田谷の至るところで栽培されていましたが、昭和49年に誕生した病気に強く栽培しやすい青首大根の普及に伴い、白首系の大蔵大根は次第に姿を消していきました。「区内の農産物をPRするためにも、地元"大蔵原"ゆかりの野菜である大蔵大根を見直そう。」と、区内農家の方々が平成9年（1997）度から再び栽培を始めました。
　今ある伝統大蔵ダイコンは平成4年（2002）に本格的に復活させたもので、以前からあるF1種の大蔵ダイコンと区別するために「伝統大蔵ダイコン」として平成23年（2011）から販売を開始しています。